A fin de proceder de forma racional a documentar las colecciones del museo y al mismo tiempo de posibilitar la investigación a los estudiosos y especialistas, en 1990 se inició una nueva catalogación de los fondos con criterios actualizados.
A lo largo de dicho proceso se procedió a la identificación de las obras, revisando y concordando la información proporcionada por los antiguos catálogos y ficheros del museo con los datos básicos de gran parte del fondo. Las nuevas fichas del catálogo se introducen en el programa informático especializado MuseumPlus, y se confeccionan detallando al máximo las descripciones y los datos, incluida la bibliografía especializada. También se ha completado el libro de registro, introduciendo y registrando las obras inéditas o que no habían sido inscritas. Paralelamente se ha procedido a la realización del nuevo archivo fotográfico, que se va completando paulatinamente.
Además de estas actuaciones, se llevan a cabo otras destinadas a la conservación preventiva de las colecciones. Se han instalado humidificadores y deshumidificadores en las salas, con el fin de introducir las oportunas correcciones. Igualmente, se efectúa el control lumínico de los diversos ámbitos. El museo dispone de aparatos termohigrógrafos que permiten el control de las variaciones de temperatura y humedad.
Asimismo, se ha restaurado o se halla en proceso de restauración un número importante de obras. La mayor parte de la Pinacoteca Gótica ha sido restaurada por el Centre de Restauració de Béns Mobles de la Generalitat de Catalunya, gracias a la ayuda de subvenciones.
Estas actuaciones corresponden al seguimiento de un plan de trabajo metódico y progresivo, según el cual las colecciones se revisan atendiendo a la calidad e importancia de las obras, así como a sus prioridades y urgencias —según las diversas patologías que presenta cada una de ellas— y se las somete, si es necesario, a un adecuado proceso de conservación o de restauración.
 Compartimento del retablo de Santa María Magdalena (antes de la restauración) |
 Compartimento del retablo de Santa María Magdalena (después de la restauración) |
